A Certain Magical Index: The Movie －The Miracle of Endymion streaming non più disponibile da agosto 2023

L'aereo spaziale Orion si schianta senza che i suoi 88 passeggeri abbiano riportato alcuna vittima, considerando l'incidente come un miracolo. Tre anni dopo, Academy City sta per completare l'ascensore spaziale chiamato "Endymion", in grado di portare le persone nello spazio senza bisogno di navicelle. Toma Kamijo e Index incontrano una cantante e esper di livello 0 di nome Arisa Meigo. Mentre escono insieme, Arisa scopre di aver superato un'audizione per diventare la ragazza della campagna di Endymion. Più tardi, nella notte, vengono improvvisamente attaccati da Stiyl Magnus e dalle streghe della Chiesa d'Inghilterra Marie Spearhead, Mallybath Blackball e Jane Elves. I maghi incontrano l'Unità Corvo Nero, un'organizzazione di sicurezza privata guidata da Shutaura Sequenzia, e sono costretti a ritirarsi con l'assistenza di Kaori Kanzaki. Lasciano a Toma un messaggio criptico che indica che Arisa potrebbe scatenare una guerra tra la magia e la scienza.

Shutaura avverte Toma di non farsi coinvolgere da Arisa. Propone ad Arisa di rimanere con lui e di indicizzarsi nel suo dormitorio fino alla sua esibizione. Poiché Toma deve seguire delle lezioni supplementari, Mikoto Misaka e le sue amiche accompagnano Arisa a uno spettacolo promozionale che si tiene in un centro commerciale, dove si esibiscono anche come ballerine di supporto. Durante l'evento, Toma assiste a una battaglia tra Shutaura e un misterioso automa maschio che ha distrutto il palco. In seguito apprende da Arisa della sua incapacità di elaborare la musica e della sua incredulità nei confronti dei miracoli. Più tardi, Arisa spiega a Toma la sua perdita di memoria prima degli ultimi tre anni. Mentre Toma si incontra con Motoharu Tsuchimikado e Kaori, che credevano nella possibilità che Arisa fosse una Santa, Stiyl e il suo gruppo rapiscono Arisa e combattono Shutaura e l'Unità Corvo Nero mentre cercano di fuggire. Stiyl spiega a Toma che l'Endymion è una Torre di Babele improvvisata, che può essere trasformata in un dispositivo magico grazie alla combinazione dei poteri di un Santo. Shutaura cattura Arisa e la porta dall'amministratore delegato della Orbit Portal Company, Ladylee Tangleroad.

Shutaura viene a sapere che Ladylee ha ucciso suo padre di nome Dedalo Sequenzia, che si è rivelato essere l'unica vittima dell'incidente di Orione non resa pubblica, e la pugnala ma Ladylee rimane viva e ordina ai suoi due automi di catturare Shutaura. Mentre Arisa è costretta a cantare in Endymion per attivare un grande cerchio magico sopra la Terra, Toma e Index viaggiano nello spazio con l'aiuto di Kaori. Anche Shutaura si fa strada dopo essere stata salvata dai suoi compagni. Affronta Ladylee, che ha cercato il potere di Arisa per spezzare la sua maledizione dell'immortalità, ma la battaglia che ne consegue con i suoi automi provoca una crepa nella stazione spaziale, che inevitabilmente crollerà e cadrà verso la Terra. Arisa canta per proteggere i visitatori presenti mentre Shutaura tenta di fermarla ma viene affrontata da Toma. Index affronta Ladylee mentre Mikoto, Accelerator e Stiyl distruggono alcuni bulloni esplosivi per eliminare Endymion dal suolo. Toma usa il suo Imagine Breaker su Shutaura, facendole ricordare come Arisa sia nata dal suo desiderio di salvare tutti i passeggeri dell'aereo, anche a costo delle persone più importanti per lei. Arisa e Shutaura cantano insieme e, insieme al lavoro di Index, rompono l'incantesimo di Ladylee, impedendo a Endymion di cadere sulla Terra e portando alla fusione di entrambi. In seguito, Toma e Index possono sentire la canzone di Arisa in lontananza.