Renton Thurston, quattordicenne annoiato da una vita di provincia, sogna l'avventura e ammira i ribelli Gekkostate. Quando la misteriosa pilota Eureka precipita con il mecha Nirvash nella sua quotidianità, il ragazzo viene trascinato in un viaggio tra battaglie aeree, ideali politici e la scoperta dei propri sentimenti.
Dopo l'indebolimento dell'alleanza sulla Terra, Haruo valuta se schierarsi con gli Exif, il cui culto della morte evoca un mostro capace di distruggere il mondo.
Sulla Terra, Haruo e i suoi amici prendono contatto con la tribù indigena degli Houtua. Per battere Godzilla, devono raggiungere il vecchio laboratorio dei Mechagodzilla.
In una città senza fine determinata a eliminare ogni forma di vita, il misterioso Killy emerge come guida per i pochi umani rimasti che lottano per sopravvivere.