Dopo l'indebolimento dell'alleanza sulla Terra, Haruo valuta se schierarsi con gli Exif, il cui culto della morte evoca un mostro capace di distruggere il mondo.
Sulla Terra, Haruo e i suoi amici prendono contatto con la tribù indigena degli Houtua. Per battere Godzilla, devono raggiungere il vecchio laboratorio dei Mechagodzilla.
In una città senza fine determinata a eliminare ogni forma di vita, il misterioso Killy emerge come guida per i pochi umani rimasti che lottano per sopravvivere.
