Kei Nagai, un normale studente delle superiori, scopre di essere un Ajin, un essere immortale, dopo essere sopravvissuto a un incidente mortale. Braccato dal governo che vuole catturarlo per sottoporlo a esperimenti, Kei fugge con l'aiuto del suo amico Kaito. Nel frattempo, altri Ajin emergono con intenzioni diverse, costringendo Kei a scegliere da che parte stare in un mondo dove l'umanità teme e perseguita la sua specie.