Dopo la perdita della madre in un bombardamento su Tokyo nel 1944, il dodicenne Mahito si trasferisce in campagna con il padre e la nuova matrigna, sorella minore della madre defunta. Nella nuova dimora, il ragazzo incontra un misterioso airone cenerino che lo guida verso una torre abbandonata, portandolo in un viaggio straordinario tra realtà e fantasia, dove affronta il dolore e scopre il valore della vita e della morte.